El jesuita vallisoletano Segundo Montes fue asesinado, en la madrugada del 16 de noviembre de 1989, en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA) de El Salvador junto a sus compañeros Ignacio Ellacuría, Amando López, el también vallisoletano Ignacio Martín Baró, Juan Manuel Moreno Pardo, Joaquín López y López y las trabajadoras Elba y Celina.
Misionero vocacional y amante de la naturaleza y el deporte, pasó por Alemania y por otros países de América antes de quedarse en El Salvador, donde desarrolló, como muchos de sus compañeros, una importante labor intelectual y selló definitivamente su compromiso con los pobres y con la defensa de los Derechos Humanos.
Trabajador y organizador incansable, promovió varias de las titulaciones de la UCA. Sus minuciosos estudios sobre la sociedad salvadoreña le dotaron de una visión certera y veraz sobre la realidad sociológica del país e incluso sacaron a la luz situaciones como las relacionadas con el papel de las remesas de emigrados y su incidencia en la economía salvadoreña.
Entregado, como sus compañeros, a la defensa de los más pobres de El Salvador, fue el primero en abrir cauces legales en el país para la defensa de los Derechos
Humanos: en 1975 creó el Socorro Jurídico, que por ruego de Monseñor Óscar Romero pasaría luego a jurisdicción arzobispal, y diez años después el Instituto de Derechos Humanos de la UCA.
Visitó, acompañó y dio voz en foros internacionales a los torturados, desplazados, repatriados y expatriados, especialmente a la Comunidad refugiada en Colomoncagua (Honduras), que dio su nombre a su nuevo lugar de asentamiento tras retornar a El Salvador.